Это назначение дало Клаузевицу доступ к прусскому двору и ввело его в высшее общество, где он, кстати, в декабре 1803 г. познакомился со своей будущей супругой Марией, дочерью саксонского генерала Карла Адольфа фон Брюля. В эти же годы появилась и первая официальная публикация Карла фон Клаузевица – это была статья с резкой критикой теории Дитриха фон Бюлова (его работы также помещены в этом сборнике).
В кампанию 1806 г., которая еще называлась Войной Четвертой антифранцузской коалиции, Клаузевиц выступил в поход все в той же должности адъютанта принца Августа, который в звании подполковника командовал гренадерским батальоном; сам Клаузевиц к тому времени носил звание штабс-капитана. Эта кампания оказалась неудачной и для всей прусской армии в целом, и для будущего военного теоретика в частности: 14 октября 1806 г. в ходе сражения при Ауерштэдте прусская армия потерпела сокрушительное поражение, а принц Август вместе со своим адъютантом оказались во французском плену. В плену у Клаузевица было достаточно времени, чтобы проанализировать действия как прусской, так и французской армий и попытаться определить причины столь серьезного и быстрого поражения. Результатом этих его размышлений стали «Исторические письма о крупных военных событиях в октябре 1806 г.» (Historischen Briefen über die großen Kriegsereignisse im October 1806). В октябре 1807 г. принц Август, а также его адъютант были освобождены и вернулись на родину Сам Шарнхорст еще во время учебы Клаузевица в военной школе обратил на него свое внимание и в 1809 г. пригласил перспективного и думающего офицера в свой личный штаб. Работая с Шарнхорстом, Клаузевиц принял самое живейшее участие в разработке и проведении широкомасштабных реформ по реорганизации прусской армии. В 1810 г. он был произведен в майоры и получил новую, еще более важную должность начальника личного бюро Шарнхорста. Одновременно Клаузевиц стал читать курс лекций по тактике и службе Генерального штаба, причем среди его воспитанников оказался и сам прусский кронпринц, позже ставший германским императором Вильгельмом I.
Наступил 1812 г., дело явно шло к тому, что Франция начнет войну против Российской империи, причем Пруссия будет вынуждена вступить союзницей Наполеона. Будучи верным последователем Шарнхорста, прусским патриотом и убежденным противником французов, Клаузевиц самовольно оставил место службы и отправился на восток, где был принят на русскую службу. Сначала он был определен в штаб генерала Карла Пфуля. Довольно скоро разработанный Пфулем план кампании был отвергнут, его штаб расформирован, а Клаузевиц направлен в состав действующей армии. Сначала он был зачислен в отряд графа Петра Петровича фон дер Палена, прикрывавшего отход 1-й Западной армии. С Паленом Клаузевиц принял участие в бою с французами под Витебском. Затем Клаузевиц был переведен в кавалерийский корпус графа Уварова и в его составе принял участие в не слишком удачном рейде русской кавалерии на фланге французской армии.
После бегства Великой армии Клаузевиц – так и не имея каких-либо конкретных обязанностей – был отправлен в Ригу к маркизу Паулуччи, а затем по собственной просьбе возвращен в действующую армию, на этот раз он поступил в распоряжение обер-квартимейстера I пехотного корпуса барона Ивана Дибича – будущего генерал-фельдмаршала и графа Забал канского. Дибич использовал Клаузевица – как бывшего прусского офицера – в ведении переговоров с руководством прусского вспомогательного корпуса, результатом чего стало подписание 30 декабря 1812 г. Таурогенской конвенции, что стало прологом к заключению прусско-русского союза.
Таким образом, прусскому офицеру Клаузевицу удалось стать не просто свидетелем, но и непосредственным участником кампании 1812 г., причем сражаясь в рядах русской армии, а не как большинство пруссаков – в Великой армии. Его анализ кампании, основанный в т. ч. и на личных впечатлениях, лег в основу его блестящей и многократно переизданной работы «1812» (Bekenntnisschrift von 1812).
Казалось бы, теперь, после того как Пруссия стала полноправным членом Антифранцузской коалиции, ничего не мешало прусскому патриоту Клаузевицу вернуться на прусскую службу. Но все оказалось не так просто: дело в том, что в 1812 г. он – впрочем, таковых было довольно много – самовольно покинул прусскую армию, что прусский король Фридрих Вильгельм III однозначно определил как дезертирство (Fahnenflüchtigen) и в возвращении на службу отказал. В результате кампанию 1813–1814 гг. Клаузевицу пришлось совершить в качестве начальника штаба русско-германского корпуса генерала русской службы графа Людвига Вальмоден-Гимборна, формально оставаясь офицером русской императорской армии. Впрочем, связи с родиной он не терял, а во время перемирия по настоянию Августа фон Гнейзенау даже составил анализ «Взгляд на кампанию с 1813 г. и до заключения перемирия» (Übersicht des Feldzugs von 1813 bis zum Waffenstillstände).
Наконец, в апреле 1814 г. Клаузевиц был принят на прусскую службу с производством в полковники. После возвращения Наполеона во Францию в 1815 г. Клаузевиц был назначен начальником штаба III армейского корпуса генерала Йохана Тильмана. В его рядах он успешно сражался при Линьи и при Вавре, после чего корпус был выделен Блюхером отвлекать внимание группировки маршала Эмануэля Груши от основной прусской армии. Тильман и Клаузевиц успешно выполнили поставленную задачу – хотя их корпус и понес довольно тяжелые потери – и тем самым обеспечили Блюхеру возможность вовремя прибыть на поле боя при Ватерлоо и поставить точку в поражении Наполеона. Русское правительство отметило заслуги Клаузевица в борьбе с французами достаточно высокими для прусского полковника наградами: 23 января 1817 г. он был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени, а также получил золотое оружие с надписью «За храбрость».
Следующие три года Клаузевиц возглавлял штаб Августа фон Гнейзенау – командира VIII корпуса в Кобленце. После окончания бесконечных войн неожиданно выяснилось, что все эти реформаторы и либералы не очень приходятся ко двору: по всей Европе в целом и в Пруссии в частности начался период некоторой реакции. Конечно, никаких репрессий против них не было, просто постепенно «реформаторов» стали смещать с командных постов, отправляя их прежде всего в военно-учебные заведения. В 1818 г. Клаузевиц был приглашен занять пост директора Общей военной школы (Allgemeinen Kriegsschule) в Берлине – ведущего военно-научного учреждения Пруссии и единственного готовящего кадры для службы Генерального штаба. Однако оказалось, что ему предлагают взять на себя исключительно административные функции, а читать лекции и преподавать ему не разрешалось. Это, конечно же, совсем не удовлетворяло Клаузевица, который в сентябре 1818 г. получил звание генерал-майора, став самым молодым генералом в прусской армии. Но он все же продолжал оставаться на своем посту, а в 1821 г. он был официально причислен к Генштабу.
В 1823–1824 гг. он выпустил «Сообщение о самой крупной катастрофе в истории Пруссии» (Nachrichten über Preußen in seiner größten Katastrophe), посвященной событиям кампании 1806 г. Именно в это время он начал работать над своим главным произведением – «О войне» (Vom Kriege), хотя административные обязанности и отнимали у него огромное количество времени. Лишь в 1830 г. Клаузевиц оставил свой пост и был направлен в артиллерийскую инспекцию в Бреслау (Вроцлав).
Уже в июле того же года по всей Польше запылал пожар восстания, подавлять которое прусское командование направило обсервационный корпус под началом графа Гнейзенау, ставшего к тому времени генерал-фельдмаршалом. По старой памяти он пригласил к себе начальником штаба Клаузевица. Пруссаки двинулись в польские земли с запада, с востока в царство Польское вошли русские полки. Но оказалось, что вместе с русскими войсками в Польшу пришла и страшная эпидемия холеры. Жертвы исчислялись тысячами, а болезнь стремительно распространялась по всей Европе. Сначала болезнь настигла 70-летнего фельдмаршала – граф Август Нейдгардт фон Гнейзенау скончался в Позене 24 августа 1831 г. После его смерти Клаузевиц, как начальник штаба, принял на себя командование обсервационным корпусом. Но осенью 1831 г. он также почувствовал себя плохо. Врачи констатировали холеру. Тяжелобольной Клаузевиц отправился в Бреслау, где всего через несколько дней скончался. Это было 16 ноября 1831 г., генералу был всего 51 год.